Konec války a vznik samostatného Československého státu přinesly zásadní změny i na akademickou půdu. Jedním z nejvýznamnějších kroků bylo v roce 1919 definitivní rozdělení pražské Karlo-Ferdinandovy univerzity na dvě samostatné části, Karlovu a Německou univerzitu. O rok později pak byly filozofické fakulty obou univerzit rozděleny na fakulty přírodovědecké a filozofické, kde se vyučovaly filologie, historie a filozofie. Zároveň se začala výrazněji profilovat role ryze vědeckých, akademicky orientovaných pracovišť oproti oborům zaměřeným na výuku středoškolských učitelů, což bylo do té doby hlavní poslání univerzity. Jedním z těchto „akademických“ oborů byly také dějiny umění.
Malý obor, tvořený až do konce války pouze Karlem Chytilem, řádným profesorem a ředitelem uměnovědného kabinetu a semináře, dostal v roce 1920 významnou posilu. Jako čerstvě habilitovaný soukromý docent zde začal přednášet Vojtěch Birnbaum. Birnbaum tvořil jednu z výjimek, neboť nepatřil mezi Chytilovy žáky. Těsně před tím, než byli Matějkova a Chytil habilitováni, odešel studovat do Vídně, kde se stal žákem Aloise Riegla a Franze Wickhoffa. Vojtěch Birnbaum tak na pražských univerzitních dějinách umění nejen zdvojnásobil počet přednášejících, ale především sem přinesl silnou vazbu na převratné metodologické posuny, které se odehrávaly v rámci tzv. vídeňské školy dějin umění. Birnbaum nicméně nepřišel tradičněji založeného Chytila nahradit, odlišnost jejich přístupů se naopak doplňovala a dávala výuce dynamiku, která se pro pozdější ústav stala typická. Birnbaum jako analytický teoretik vykládající umění na základě jeho vnitřních zákonitostí doplňoval Chytila jako badatele orientovaného spíše pozitivisticky a chápajícího umění v širších kulturních kontextech doby vzniku uměleckých děl.
Že Karel Chytil dokázal odlišný přístup svého mladšího kolegy ocenit, dokládá i jeho návrh na jmenování Birnbauma mimořádným profesorem, podaný už roku 1921 – právě originalitu jeho metodologie Chytil uvádí jako jeden z hlavních argumentů pro uvedení Birnbauma do profesorského stavu. Žádosti bylo rychle vyhověno a už roku 1921 Birnbaum na fakultě přednášel jako profesor. Hned o rok později na tento krok navázala významná organizační změna – Karel Chytil podal návrh, aby pro Birnbauma bylo zřízeno samostatné oddělení uměnovědného semináře, zaměřené v souladu s Birnbaumovou specializací na starověké a raně středověké evropské umění. Ještě roku 1922 bylo návrhu vyhověno a došlo k založení II. semináře dějin umění. Organizačně se tím situace lehce znepřehlednila, protože dějiny umění nyní měly dva profesory a zároveň dva ředitele – Vojtěch Birnbaum byl ředitelem II. semináře, zatímco Karel Chytil vedl I. seminář a zároveň byl ředitelem celého uměnovědného pracoviště. Šlo nicméně o další výrazný krok směrem k založení samostatného ústavu.
Otázka vlastního vzniku ústavu je nicméně poněkud komplikovaná. Ani oficiální korespondence totiž nebyla zcela jednotná při dodržování organizačního pojmosloví, což ostatně odráželo skutečnost, že uměnovědné pracoviště fungovalo stále v jistém provizoriu. Poprvé (a opakovaně) jsou univerzitní dějiny umění nazvány ústavem v korespondenci z roku 1919. Ve stejné době ale narážíme i na pojem „institut“ nebo jednoduše „kabinet“. Oficiální vznik ústavu je tedy třeba spojovat až s o něco pozdějšími léty a s historikem umění Ferdinandem Lehnerem.
…ministerstvo školství vydalo svolení, že uměnovědné pracoviště od příště smí nést název Ústav pro dějiny umění.
Lehner sice zemřel již v roce 1914, nicméně zanechal po sobě obsáhlou a systematicky budovanou knihovnu, kterou plánoval předat budoucímu uměleckohistorickému ústavu. Protože za jeho života žádný nevznikl, odkázal knihovnu jako dar Vinohradům, jejichž městská rada si s ním ale nevěděla rady. Prostřednictvím Zdeňka Wirtha byla nakonec knihovna nabídnuta uměnovědnému pracovišti na FF UK jako půjčka na dobu neurčitou – oficiálně byla ministerstvem školství a národní osvěty potvrzena na konci roku 1919. Cesta k založení ústavu tím byla započata. Na jaře roku 1920 Karel Chytil vypracoval návrh na to, jak bude Lehnerova knihovny do univerzitního pracoviště zapojena, kde o ní hovoří jako o Českém historicko-uměleckém ústavu Msgra. Ferdinanda Lehnera. V roce 1921 pojem ústavu neoficiálně objevil v souvislosti s celým ústavem, když Karel Chytil publikoval příspěvek s názvem Ústav pro dějiny umění při české universitě a odkaz Lehnerův. A březnu 1922 byla proměna potvrzena oficiálně: ministerstvo školství – na základě propojení kabinetu a obou seminářů dějin umění s Lehnerovou knihovnou – vydalo svolení, že uměnovědné pracoviště FF UK od příště smí nést název Ústav pro dějiny umění.
Status ústavu nebyl jen prestižní, ale umožňoval pracoviště dále zásadně rozvíjet. Napomohly tomu i vnější podmínky. V roce 1923 byla dokončena novostavba fakultní budovy v Břehové ulici na Starém Městě, kde na dlouhou dobu ústav získal své hlavní sídlo – včetně prostor pro uskladnění a fungování Lehnerovy knihovny (stále vedené jako samostatný umělecko-historický ústav). Spolu se založením ústavu také oba profesoři rozšířili nabídku předmětů a v zimním semestru dokonce získali posilu: první přednášku na ústavu vypsal Nikodim Pavlovič Kondakov (1844–1925), profesor petrohradské a sofijské univerzity a přední byzantolog, který do Prahy přijel na pozvání Karla Chytila. Původně roční hostování přerostlo ve spolupráci trvající až do Kondakovovy smrti v roce 1925. Poté ho nahradil další ruský emigrant a špičkový odborník na byzantské a východoslovanské umění Nikolaj Lvovič Okuněv (1885–1949). Východoslovanské dějiny umění později získaly v rámci ústavu vlastní seminář a díky oběma profesorům staly trvalou součástí výuky na pražské filosofické fakultě a zůstaly v ní významně zastoupeny až do konce 80. let.
Protože zřídit nové profesorské nebo docentské místo bylo organizačně i finančně náročné, pokoušel se ředitel ústavu Chytil získávat pedagogickou posilu i jinými způsoby. Tím nejjednodušším bylo zřízení místa tzv. lektora, které by dnes odpovídalo pozici někde mezi externím pedagogem a odborným asistentem. Od roku 1921 takto vzniklo místo lektora pro památkovou péči, na které byl přijat Václav Wagner, absolvent historie, archeologie a dějin umění, žák Karla Chytila a jedna z nejvýznamnějších osobností české památkové péče a její metodologie. Wagner přednášel na různá témata z teorie i praxe ochrany památek, stavebních i movitých, až do uzavření vysokých škol v roce 1939 a krátce i po konci války. Jeho univerzitní působení ukončil komunistický režim – nařčení z kolaborace s nacisty, zatčení a dlouholetý žalář, který Wagnera v podstatě zahubil.
Pražské dějiny umění usilovaly přinejmenším od nástupu Karla Chytila do čela kabinetu o zřízení dvou řádných profesur. Cesta ke splnění tohoto cíle ale byla dlouhá. Protože Chytil měl k roku 1927 odejít do důchodu, snažil se za sebe najít náhradu, což v prvé řadě znamenalo zajistit pozici řádného profesora Vojtěchu Birnbaumovi. Chytil ji navrhoval už roku 1924, avšak přes kladný postoj univerzity návrh nebyl ministerstvem vůbec vzat na vědomí. Birnbaum se nakonec stal řádným profesorem až na poslední chvíli, tedy roku 1927, kdy zároveň od penzionovaného Chytila převzal vedení Ústavu a I. semináře dějin umění.
…zatímco Birnbaumův zájem se soustředil na architektonické památky, Matějček se specializoval stejně jako Chytil na středověké umění s důrazem na ikonografii…
Do čela II. semináře nastoupil jako nová posila Antonín Matějček (1889–1950). Matějček absolvoval dějiny umění jako žák Otakara Hostinského a Karla Chytila, doktorát ovšem po sporu s Chytilem obhájil až po intervenci Maxe Dvořáka. Dvořák si Matějčka posléze pozval do Centrální komise pro ochranu památek ve Vídni – Matějček zde byl jeho podřízeným a zároveň docházel na jeho přednášky. V rámci dějin umění na Karlově univerzitě tak představoval dalšího přímého odchovance vídeňské školy – vedle „rieglovce“ Birnbauma zastupoval žáky dvořákovské generace, což mezi přístupy obou pedagogů opět pomáhalo vytvářet tvůrčí dynamiku. Matějček se na FF UK habilitoval v roce 1926, když už měl za sebou výraznou pedagogickou a odbornou kariéru – po návratu z fronty v roce 1917 byl jmenován profesorem na Uměleckoprůmyslové škole v Praze a o rok později se stal mimořádným profesorem na Akademii výtvarných umění. Matějčkovu docenturu i přes drobné spory doporučil i Karel Chytil, který v novém docentovi měl získat přímého zástupce – zatímco Birnbaumův zájem se soustředil na architektonické památky, Matějček se specializoval stejně jako Chytil na středověké umění s důrazem na ikonografii.
Jen rok po Matějčkově habilitaci oba členové ústavu doporučili ke schválení návrh na jeho jmenování mimořádným profesorem, který se ovšem zadrhnul na ministerstvu školství. To souhlasilo, aby Matějček převzal vedení II. semináře, avšak druhé profesorské místo si přálo zrušit. Univerzita zareagovala tím, že hned další rok, 1928, navrhla Matějčka jmenovat rovnou řádným profesorem. Návrh byl nakonec úspěšný, jeho prosazení ale trvalo dva roky, ve kterých Matějček stihl získat řádnou profesuru na Akademii výtvarných umění. Roku 1930 ale nakonec ministerstvo konečně ustoupilo a dějiny umění na FF UK měly poprvé ve své historii dva řádné profesory. Matějček se stejně jako Birnbaum brzy etabloval v klíčovou osobnost oboru v rámci českých zemí a pomáhal vychovávat celou různorodou generaci historiků umění, kteří obor převzali v poválečných letech – u Birnbauma ve 30. letech studovali Vojtěch Volavka, Václav Richter, Růžena Vacková nebo Emanuel Poche, mezi Matějčkovy žáky patřili Jaroslav Pešina, Oldřich J. Blažíček, později Jaromír Neumann nebo Pavel Preiss.
Birnbaum jako ředitel ústavu zároveň na Karla Chytila navázal snahou činnost ústavu dále rozšiřovat a pokoušel se pro to vyjednávat oficiální podporu a prostředky. Protože finance byly v rámci univerzity vázány na činnost jednotlivých pracovišť a seminářů, podal roku 1928 návrh na zřízení semináře pro byzantské a východoslovanské umění, který měl být svěřen Nikolaji Okuněvovi. Seminář byl o rok později skutečně založen a Okuněv se stal jeho ředitelem, ovšem bez titulu mimořádného profesora. V roce 1930 pak Birnbaum s Matějčkem předložili návrh na další rozšíření ústavu, tentokrát o seminář pro křesťanskou archeologii.
…na začátku třicátých let tak Ústav pro dějiny umění zaštiťoval přednášky z dějin umění od starověku po rané 20. století, a to oblastí jak západní, tak východní Evropy…
Ujmout se ho měl Josef Cibulka (1886–1968), který se na FF UK v oboru křesťanské archeologie habilitoval v roce 1927. Cibulka, který krátce studoval ve Vídni u Josefa Stryzgowskeho a Maxe Dvořáka, měl doktorát z teologie a před habilitací na FF UK několik let vyučoval křesťanskou archeologii na pražské teologické fakultě, od roku 1921 jako mimořádný a od roku 1926 jako řádný profesor. Protože o odborných ani pedagogických kompetencích Josefa Cibulky nebylo nejmenších pochyb, bylo návrhu na založení „jeho“ semináře bylo ještě v roce 1930 vyhověno. Na začátku třicátých let tak Ústav pro dějiny umění ve svých místnostech v Břehové ulici zaštiťoval přednášky z dějin umění od starověku po rané 20. století, a to oblastí jak západní, tak východní Evropy, a výuku navíc doplňoval praktickými přednáškami a cvičeními z památkové péče. Potenciál k výuce dějin umění byl tím na Univerzitě Karlově konečně důstojně naplněn.
Rychlý rozvoj Ústavu pro dějiny umění a jeho proměna v etablované univerzitní pracoviště v roce 1934 přerušila tragická událost, když 30. května nečekaně zemřel Vojtěch Birnbaum. Pro Ústav to kromě praktických starostí – například s Birnbaumovou pozůstalostí, kterou nakonec vdova Alžběta Birnbaumová ústavu věnovala – znamenalo hledat důstojnou náhradu. V čele pracoviště stanul pochopitelně Matějček, chyběl nicméně ředitel jednoho ze seminářů a nebylo obsazeno druhé profesorské místo.
Problém druhé profesury se vyřešil provizorně: na začátku roku 1935 byl Okuněv jmenován tzv. smluvním profesorem, čímž se alespoň formálně dosáhlo udržení dvou profesur dějin umění na Karlově univerzitě. Vedení neobsazeného semináře pak bylo svěřeno Janu Květovi (1896–1965), žákovi Josefa Šusty a Karla Chytila, který ve 20. letech působil především v historicko-archeologickém oddělení Národního muzea. Květ podal žádost o habilitaci v roce 1931, tedy ještě za Vojtěcha Birnbauma, přednášet začal v letním semestru 1932. V době Birnbaumově smrti už byl tedy etablovaným členem ústavu, jehož jmenování do čela II. semináře bylo zcela nasnadě.
Patrně Květovým prostřednictvím získal Ústav roku 1935 další posilu, a to s habilitací Karla Gutha (1883–1943), zakladatelské osobnosti moderní české středověké archeologie a muzeologie. Karel Guth byl dlouholetým správcem a ředitelem historicko-archeologického oddělení Národního muzea v Praze, kde byl jeho nejbližším spolupracovníkem právě Jan Květ. Účastnil se řady průkopnických archeologických průzkumů raně středověkých památek, několik let působil v památkové péči, věnoval se rovněž uměleckému řemeslu. Na ústavu měl Guth výuku obohatit jako o archeologickou perspektivu při zkoumání vývoje architektury, tak o přednášky o uměleckém řemesle a také muzeologii, vedle památkové péče další aplikované oblasti oboru. Guthova akademická kariéra bohužel skončila s uzavřením českých vysokých škol 1939, v roce 1943 totiž zemřel po nešťastné nehodě v svém bytě.
Těsně před vypuknutím války se Ústavu podařilo získat ještě dva další docenty. V roce 1937 byla docentura udělena Jaromíru Pečírkovi (1891–1966). Studia začal ještě před válkou u Karla Chytila, v roce 1913 ale odešel do Vídně, kde studoval u Maxe Dvořáka. V roce 1920 se stal profesorem na Uměleckoprůmyslové škole, se kterou spojil většinu své profesní kariéry, v letech 1937–1939 a 1945–1948 dokonce krátce jako rektor. Pečírka patřil mezi nejvěrnější Dvořákovy žáky jak z hlediska témat a metodologie, tak z pohledu péče o Dvořákův odkaz – inicioval například český překlad klíčových Dvořákových statí (Umění jako projev ducha). Na ústavu se hodlal věnovat metodologickým tématům a po přednáškách o gotickém umění a malbě 19. století se v akademickém roce 1939/1940 plánoval věnovat pojetí evropských dějin u Maxe Dvořáka a Heinricha Wölfflina. Nakonec k tomu už ale nestihlo dojít.
Zatímco Jaromír Pečírka stihl alespoň dva semestry skutečně odpřednášet, druhá plánovaná posila ústavu měla větší smůlu. Šlo o Václava Mencla, mimořádnou postavu historiografie umění, zejména středověké architektury, a mimo jiné spoluzakladatele moderní metody stavebněhistorických průzkumů. Mencl, absolvent ČVUT a zároveň žák Vojtěcha Birnbauma, jehož přednášky navštěvoval, dlouhá léta působil na Slovensku, kde se habilitoval na Komenského univerzitě v Bratislavě. Jeho docentura byla uznána i pro Univerzitu Karlovu, vypsané přednášky ale nakonec uskutečnit nestihl.
V březnu 1939 byl na území Československa vyhlášen nacistický protektorát Čechy a Morava. 17. listopadu téhož roku říšský protektor Konstantin von Neurath rozhodl o uzavření českých vysokých škol, veškerá univerzitní výuka byla zastavena. Tento násilný předěl dějiny umění na FF UK potkal v době, kdy se ocitly v řadě ohledů na vrcholu. Dařilo se postupně rozšiřovat pedagogický sbor a jeho jednotliví představitelé se univerzitním prostředí mimořádně etablovali, o čemž svědčí fakt, že na rok 1934/1935 byl děkanem fakulty zvolen Vojtěch Birnbaum (funkce se už bohužel ujmout nestihl) a na rok 1938/1939 Antonín Matějček. Ještě v předvečer války se na ústavu připravovalo rozšíření výuky o další praktické kurzy a témata a byl podán návrh na jmenování Jana Květa mimořádným profesorem dějin umění. Nic z toho se již nestihlo realizovat – nastala šestiletá césura. Po jejím konci se zdálo, že je možné na přerušenou tradici plynule navázat. Ve skutečnosti tehdy české dějiny umění tak jako celá československá společnost vstoupily už do zcela proměněného světa.