Pokud bychom hledali vazby mezi německými a českými univerzitními dějinami umění, jedna z nejvýraznějších by spočívala v jejich vzájemné dynamice: období krize jednoho pracoviště se většinou téměř přesně překrývalo se silnou etapou druhého. Krajní podobu tento vztah získal na začátku druhé světové války, kdy německá pražská uměnověda posílila na úkor českého pracoviště, které dočasně zcela zaniklo – a to doslova. Podstatná část sbírek a dalšího majetku zrušeného ústavu posléze připadla německému uměleckohistorickému institutu.
Pro české univerzitní intelektuály, historiky umění nevyjímaje, ale čas protektorátu a uzavřených vysokých škol nebyl zdaleka dobou pasivity. Mimo jiné už proto, že například členové bývalého Ústavu pro dějiny umění vykonávali další zaměstnání – v Národním muzeu (Jan Květ), na ministerstvu školství (Václav Mencl) a Památkovém úřadu (Václav Wagner). Jaromír Pečírka dokonce nadále vyučoval – Uměleckoprůmyslová škola, jeho hlavní životní působiště, měla do roku 1946 status střední školy, a proto nebyla uzavřením univerzit postižena. Ani ti, kteří byli nuceni odejít do ústraní, jako Antonín Matějček, nebo František Kovárna, netrávili čas čekáním na konec války. Spolu se změnou politických a společenských podmínek se totiž změnila i role umění a kultury – daleko víc než kdykoliv předtím a potom se umělecké a kulturní dědictví stalo pilířem národní identity, světem, který tvořil nevyčerpatelný zdroj útěch, naděje i vědomí sounáležitosti. Čeští historici umění, stejně jako další vzdělanci, ale také básníci a umělci, tuto skutečnost rychle pochopili a věnovali úsilí práci na dílech, která by toto dědictví pomohla zpřítomnit nejširší veřejnosti.
Potenciál této snahy prozradila už v předvečer války legendární výstava Pražské baroko konaná v roce 1938. Umělecká kultura 17. a 18. století se tu širší veřejnosti poprvé představila v celistvosti – uměleckou etapu, dosud stále přijímanou spíše s rozpaky, v atmosféře blížící se katastrofy česká kulturní veřejnost přijala za svou, jako jeden z pilířů národní tradice, na který je možné být hrdý. Není divu, že výstava o tak zdánlivě nevinném tématu, jako je baroko, musela být nakonec kvůli nařízení úřadů ukončena předčasně.
Publikované uměnovědné práce se nicméně v době okupace vracely k tradičnějším tématům – Praze a umění tvorbě českých velikánů 19. a 20. století. Tato témata zpracovávali i badatelé, kteří se jinak soustředili na odlišné etapy. Asi nejvýraznějším příkladem je Antonín Matějček, který vynucenou penzi trávil ve vile v Senohrabech intenzivním psaním. V prvních letech protektorátu publikoval řadu útlých monografií o Janu Preislerovi, Antonínu Hudečkovi nebo Maxi Švabinském. Vedle toho pracoval na Dějinách umění v obrysech, snaze shrnout své životní přehledové dílo do jednoho lépe přístupného svazku. Práce byla k publikování připravená už za války, vyšla ale až roku 1948. Podobnou činorodost vykazoval i Jan Květ, který dokonce mohl i vyučovat – na střední Archivní škole a Amerlingově učitelském ústavu. Také Květ vedle této práce psal (mimořádný ohlas měla jeho kniha Má vlast, ve které představoval českou krajinu v díle významných národních malířů) a podílel se na řadě výstav.
Některé členy katedry doba přivedla do ošemetnějšího postavení. Dosud nejednoznačný je osud Josefa Cibulky, který těsně před válkou vystřídal Vincence Kramáře na místě ředitele Státní sbírky starého umění (budoucí Národní galerie). V čele instituce zůstal i poté, co se sbírka přeměnila v protektorátní Českomoravskou zemskou galerii. Cibulka přitom projevil mimořádný diplomatický a organizační talent, díky kterému galerii nejen úspěšně vedl, ale povedlo se mu i zásadně rozšiřovat její sbírky. Rozrostl se také počet jejích zaměstnanců – Cibulkovi se dařilo v galerii zaměstnávat studenty a čerstvé absolventy oboru, kteří byli v podmínkách válečného hospodářství nejvíce ohroženi totálním nasazením. Jedním z východisek pro náhle bezprizorní mladé intelektuály byla dobrovolnická činnost v protektorátních institucích, podporovaná z prostředků tzv. Akce na podporu nezaměstnané inteligence. Mezi českými muzei a galeriemi nejvíc pracovníků a dobrovolníků nabírala právě Českomoravská zemská galerie. Pod Cibulkou zde působil například pozdější ředitel Ústavu pro dějiny umění Jaroslav Pešina, pozdější ředitel Národní galerie Vladimír Novotný nebo pozdější ředitel Národního muzea Vladimír Denkstein. V době nemožnosti studovat se Cibulkova galerie stala paradoxně hlavní institucí, která formovala budoucí klíčové osobnosti oboru.
Na druhou stranu si to od Cibulky žádalo ústupky, v podobě nezbytné spolupráce s protektorátní správou, včetně přijetí tzv. Svatováclavské orlice, protektorátního vyznamenání, v roce 1944. Cibulka proto po válce čelil podezření z kolaborace, které se mu ale podařilo vyvrátit – vaz mu paradoxně zlomil až rok 1948, protože pro nový režim byla nepřijatelná jeho dráha katolického duchovního.
Roli útočiště pro historiky umění hrály v období protektorátu i další instituce, jako Památkový úřad, Pečírkova Uměleckoprůmyslová škola nebo Uměleckoprůmyslovém museum. V něm působili Emanuel Poche, nebo Oldřich Blažíček, který po Haně Volavkové převzal zdejší knihovnu – jedinou oborovou knihovnu, kterou mohli adepti a absolventi dějin umění v době protektorátu pro svou práci využívat. V muzeum také měl azyl Kruh pro pěstování dějin umění – spolek organizující pravidelné přednášky, jehož členy tvořili v podstatné míře bývalí pedagogové Ústavu. Akce spolku tedy do jisté míry suplovaly zrušené univerzitní přednášky.
Přes náročnou situaci, ve které se ve válečné době ocitla celá česká intelektuální sféra, se tedy většině historiků umění dařilo udržet praktický kontakt se svým oborem, ať už v podobě bádání, nebo dokonce výuky. S výjimkou Karla Gutha, který podlehl nešťastné nehodě, se navíc všichni pedagogové Ústavu dožili konce války, často s tématy a inspirací promýšlenými v ústraní. I díky tomu mohla v roce 1945 činnost ústavu navázat téměř přesně tam, kde byla v roce 1939 přerušena. A alespoň chvíli bylo možné hýčkat iluzi, že časy první republiky se do osvobozeného Československa natrvalo vrátily.