Protože kontinuitu oboru se nepodařilo přerušit ani šesti letům okupace, vrátily se dějiny umění na obnovenou českou univerzitní půdu v překvapivě dobré kondici. Nejenže s výjimkou Karla Gutha svá místa zaujali všichni předchozí pedagogové, ale pracoviště navíc získalo vše, co mu bylo v roce 1939 zabráno německým uměnovědným institutem i podstatnou část toho, co posléze institut v době války nashromáždil. Ústav pro dějiny umění FF UK se tak stal nakrátko mimořádně velkým pracovištěm s vybavením na evropské úrovni. Poválečná léta byla pro Ústav šťastná i politicky – ředitel Antonín Matějček (a podle všeho nejen on) měl úzké vazby na Zdeňka Wirtha a především Zdeňka Nejedlého, klíčové postavy poválečné památkové péče, respektive kulturní politiky.
Nejen dějinám umění přitom hrálo do karet, že po konci války byl po vysokoškolském studiu obrovský hlad. Ředitel ústavu tak mohl snadno zdůvodňovat žádosti o podporu dalšího rozvoje výuky – například formou dotací na exkurze, navyšování knihovního fondu apod. Vedle této péče o další rozvoj ústavu se Antonín Matějček intenzivně pustil i do výuky, kterou zahájil slavnostní přednáškou už 19. června 1945, a také do badatelské práce. V poválečných letech publikoval řadu textů sepsaných za války a pokračoval také v předválečných projektech, především v rámci semináře na zpracování korpusu české gotické nástěnné malby.
Ústav měl tedy najednou – byť nakonec jen krátce ‒ hned tři profesorská místa.
Poválečný Ústav se začal silně profilovat právě směrem ke středověkému umění, především k malbě. Potvrdila to druhá, mimořádná profesura ústavu, kterou v říjnu 1945 – poté, co těsně před válkou nestihla být schválena – získal Jan Květ. Ten mohl s obdržením profesury opustit místo v Národním muzeu, ujmout se vedení druhého semináře a přirozeně tak nastoupil dráhu Matějčkova zástupce a potencionálního nástupce. Orientaci na středověk posléze potvrdil také návrat Josefa Cibulky do čela semináře pro křesťanskou archeologii – Cibulka kvůli nutnosti očistit se od nařčení z kolaborace s okupanty, začal vyučovat až od roku 1946. Ve stejném roce (ale z jiných důvodů) se do semináře pro byzantské a východoslovanské umění vrátil Nikolaj L. Okuněv. Jeho oddělení získalo význam díky politickým souvislostem i díky plánovanému přičlenění velké byzantologické knihovny zabavené profesoru Německé univerzity Edmundu Weigandovi. I díky tomu se podařilo v létě 1948 ‒ po předchozích dlouholetých průtazích ‒ prosadit jmenování Okuněva mimořádným profesorem. Ústav měl tedy najednou – byť nakonec jen krátce ‒ hned tři profesorská místa.
Na Ústav se po válce vrátili i další pedagogové. Vedle Václava Wagnera, jehož přednášky a cvičení z památkové péče navázaly jeho na dlouholeté působení na Ústavu, šlo především o soukromé docenty, kteří na ústav přibyli těsně před válkou a v roce 1945 tedy s vyučováním na UK de facto začínali. Týkalo se to v prvé řadě Jaromíra Pečírky. Jeho role byla jedinečná v tom, že díky svému působení na Uměleckoprůmyslové škole (od roku 1946 v pozici rektora) mohl zprostředkovávat vazby mezi mladými historiky umění a mladými umělci. Pečírka byl také dlouhá léta, v podstatě do příchodu Petra Wittlicha, jediným vyučujícím, který se na katedře věnoval i novějšímu a soudobému umění.
Své krátké působení na univerzitě mohl po roce 1945 konečně zahájit i Václav Mencl, který zde přednášel cyklus věnovaný středověké architektuře. Rovněž krátkodobou, ale významnou posilou pak byl Matějčkův žák Oldřich Blažíček (1914–1985), který v roce 1945 nastoupil jako odborný asistent místo Františka Kovárny (který přešel na Pedagogickou fakultu a na FF UK působil jen externě) a v roce 1947 se na FF UK habilitoval. Blažíčkovou doménou bylo sochařství 17. a 18. století a v rámci výuky na Ústavu proto představoval další důležitou výjimku mezi odborníky na různé formy středověkého umění.
Mezi ty naopak patřil další nový člen Ústavu, Jaroslav Pešina (1912–1992), Matějčkův žák, zeť a jak se později ukázalo i nejvýznamnější nástupce, který jeho odkaz přenesl až do pozdních 70. let 20. století. Pešina na fakultě přednášel od roku 1946, kdy se habilitoval. Působil zde zprvu jako soukromý docent, protože jeho kmenovým pracovištěm se stala Národní galerie, ovšem na začátku 50. let po Matějčkově odchodu se stal jednou z významných opor Ústavu.
Ve stejné době jako Pešina začal na Ústavu vyučovat také Vojtěch Volavka, který se habilitoval v Brně a úspěšně zažádal o přenesení venia doceni do Prahy. Volavka byl osobností, která opět významně rozšířila rámec ústavní výuky – jeho důraz na význam technologií a materiálů pro vývoj dějin umění představoval ve své době originální způsob uchopení uměleckohistorické materie, který však i přes nezpochybnitelný význam stál poněkud na okraji zájmu oboru. Přesto byl Volavkův pohled členy ústavu přijat jako obohacující a jako soukromý docent byl v Praze bez výhrad přijat. Neúspěšně naopak dopadla shodná žádost Antonína Friedla, medievisty představujícího chytilovskou školu, se kterou byl „poválečný“ Matějček v hlubokém metodologickém sporu.
Konec války pro Ústav neznamenal jen obrodu z pohledu pedagogického sboru. Zásadní přelom nastal pochopitelně i z pohledu studentů, jejichž zájem o dějiny umění překonal všechna očekávání – relativně malý obor zvyklý na desítku posluchačů měl najednou přijmout stovky studentů, dohánějící šanci na dlouho odpírané vysokoškolské vzdělání. Bezprecedentně vysoký počet studujících, kterých byly v prvních letech po válce zapsány víc než dvě stovky, přinesl řadu pozoruhodných změn, jako například rozrůznění generační a naopak vyrovnání genderové skladby posluchačstva. Zároveň přinesl nutnost posunů ve způsobu výuky, především rozdělení některých seminářů na více oddělení. Antonín Matějček v souvislosti s těmito změnami prosadil ještě jeden významný organizační krok – v roce 1947 vznikla pozice druhého ředitele Ústavu pro dějiny umění, zastávaná Janem Květem. Toto zvláštní řešení bylo v dané době k vidění na více pracovištích – a jak se nakonec ukázalo, šlo o prozíravý způsob, jak zajisti Ústavu do budoucna bezproblémovou kontinuitu.
Velké množství studentů nebránilo tomu, aby se kolem jednotlivých pedagogů tvořily užší kruhy a postupně se profilovaly výrazné mladé osobnosti.
Velké množství studentů nebránilo tomu, aby se kolem jednotlivých pedagogů tvořily užší kruhy a postupně se profilovaly výrazné mladé osobnosti. Výjimečný přístup ke studentům měli podle pamětnických svědectví zejména Václav Mencl, nebo Josef Cibulka, který mimo jiné v roce 1946 a 1947 zorganizoval dvě legendární mnohadenní exkurze do západní Evropy. Naopak zejména Antonín Matějček praktikoval elitářštější přístup – vytvořil kolem sebe úzký kruh talentovaných a schopných studentů, které zapojoval i do vědecké práce, konkrétně do plánovaného korpusu gotické nástěnné malby.
Tím nejtalentovanějším a po všech stránkách nejvýraznějším Matějčkovým žákem se ukázal být Jaromír Neumann. Toto jméno zároveň připomíná, že poválečná doba nadšeného ochutnávání znovunabyté svobody, intenzivní výuky, setkávání a exkurzí, trvala jen krátce. Neuběhly ani tři roky a proběhla další razantní společenská změna – komunistický puč v únoru 1948 a s ním nastolení totality po sovětském vzoru.
Únorový převrat přinesl razantní a celospolečenské změny, které byly tehdejší Československé společnosti vnuceny často překvapivě rychle. Platí to i pro univerzity, které nástup nové moci postihl hned v několika rovinách. V té praktické šlo hlavně zánik akademických svobod, podřízení akademické sféry stranickému řízení a s tím související reformu studia. Dále šlo pochopitelně o „výměnu kádrů“, tedy na jedné straně o čistky mezi učiteli i studenty a na druhé straně dosazování nových, politicky spolehlivých kandidátů na uvolněná místa. Poslední a neméně důležitou rovinou byla razantní ideologizace nejen společenského života, ale i kultury a vědy, včetně věd o minulosti. Pro Filozofickou fakultu UK jakožto hlavní učiliště společenských a historických věd v zemi, byl tento rozměr nástupu komunismu moci zcela fatální.
Platilo to pochopitelně i pro uměnovědný ústav. Stejně jako ostatní obory byly také dějiny umění podrobeny reformě vysokého školství. Ta přinesla přísnou kontrola studia a jeho plánování podle přesně stanoveného a zkouškami kontrolovaného studijního programu. Krom toho znamenala také silnou ideologizaci studia skrze nově povinné politické předměty. Zároveň s tím zde také proběhly razantní personální změny. Pokud budeme počítat i studenty zapojené do chodu ústavu v rámci tzv. studentokracie (která znamenala zapojení mladých komunistických kádrů do rozhodování o personálních a někdy i odborných otázkách v rámci kateder), najdeme v osazenstvu ústavu po únoru 1948 celé spektrum typických osudů od bezskrupulózních oportunistů po tragické oběti. Pedagogické jádro katedry nicméně tvořila skupina umírněně konformních pedagogů, kteří byli členy KSČ (Matějček, Pešina, Pečírka), nebo měli alespoň dobré vazby na nastupující garnituru (Květ) ale nezapojovali se aktivně do revolučních excesů. Nejkontroverzněji se z nich nakonec angažoval ředitel ústavu Antonín Matějček, který do KSČ vstoupil až po únoru 1948 a ještě téhož roku se stal oborovým přednostou na ministerstvu školství a národní osvěty vedeného Matějčkovým přítelem Zdeňkem Nejedlým. Úzké kontakty s jedním z hlavních představitelů nové moci přinesly oboru politické krytí a Matějčkovi status oficiálně uznávané vědecké kapacity. Zároveň ho ale nové povinnosti odváděly od vědecké práce i péče o ústav – první oddělení svého semináře proto předal Jaromíru Pečírkovi, zatímco na druhém se nechával často zastupovat svým žákem, od roku 1949 odborným asistentem Jaromírem Neumannem. Neumann sám byl přitom asi vůbec nejspornější postavou ústavu a jediný skutečným komunistickým radikálem v pedagogickém sboru, který se jako hlavní postava zdejší studentokracie zasloužil o vyloučení řady studentů i pedagogů. Zároveň šlo ale o mimořádně talentovaného historika umění, který svou následnou kariérou dokázal, že si důvěru Antonína Matějčka zasloužil nejen z politických důvodů.
Na opačném spektru stála skupina pedagogů, které režim z politických důvodů kariéru zkomplikoval. Ani zde bychom ale nenašli krajní případ v podobě otevřených odpůrců nastupujících politických pořádků – což ale neznamená, že by zde nedocházelo ke skutečně tragickým osudům. První obětí nových pořádků se stal František Kovárna – jako člen ústředního výboru nově zakázané České strany národně socialistické přišel o možnost vyučovat na FF UK automaticky už 3. března 1948. Kovárna hned o měsíc později odešel do exilu a v listopadu 1949 ho československý komunistický režim odsoudil v nepřítomnosti k trestu smrti.
Všeobecně známou kauzou je pak odchod Václava Mencla, který na Ústavu přednášel ještě v akademickém roce 1948/1949. Později už k přednáškám nenastoupil – vaz mu zlomila zdrcující recenze komunistických studentů Jaromíra Neumanna a Miluše Jágrové na jeho monografii Česká architektura doby lucemburské. Menclovi alespoň nebyla kariéra zlikvidována zcela – mohl publikovat i vyučovat, ovšem pouze na Univerzitě v Bratislavě a později na DAMU a FAMU.
…fakt, že se nikdo z dlouholetých kolegů, ani těch s konexemi, Wagnera nezastal, patří k momentům nejhlubšího morálního selhání v dějinách Ústavu…
Vůbec nejtragičtějším je ale případ Václava Wagnera. Jako lektor památkové péče působil na ústavu až do roku 1949, už před únorem 1948 ale začaly být patrné různé spory – Wagnerovy přednášky například nebyly přes jeho upozornění a urgence uváděny v Karolinkách. V roce 1949 přišel definitivní zvrat, když byl Wagner zatčen, obviněn z kolaborace z nacisty a o rok později ve vykonstruovaném procesu odsouzen na 16 let těžkého žaláře. Odseděl si nakonec necelých deset let a poslední roky života dožil jako duševně i fyzicky zcela zničený muž v psychiatrické léčebně. Tvrdý postup nového režimu vůči mírnému a apolitickému intelektuálovi Wagnerovi pramenil patrně z řady důvodů – od odborného sporu s vlivným Zdeňkem Wirthem, který z jeho strany přešel v osobní zášť, přes Wagnerovo katolictví až po jeho pravděpodobnou homosexualitu, která v 50. letech vzbuzovala automaticky opovržení. Přesto ale fakt, že se nikdo z dlouholetých kolegů, ani těch s konexemi, Wagnera nezastal, patří k momentům nejhlubšího morálního selhání v dějinách Ústavu pro dějiny umění FF UK.
Ústav po roce 1948 nicméně neoslabovaly jen nesmyslné zásahy politiky. Významnou ztrátou pro dějiny umění na FF UK, a jak se později ukázalo, i pro celé jedno odvětví oboru u nás, byla smrt Nikolaje Okuněva v roce 1949. Ústav s ním přišel nejen o výjimečnou badatelskou osobnost a třetího profesora, ale také vedoucího dlouhá léta budovaného, unikátního byzantologického pracoviště. Protože se jediný srovnatelný byzantolog v českých zemích Josef Mysliveček stal po roce 1948 další obětí politických perzekucí, ujal se nakonec výuky východoslovanského umění Okuněvův nadějný žák Vladimír Fiala (1922–1997) – který bohužel nashromážděný potenciál oddělení plnohodnotně rozvinout nedovedl.
Ztráty, které ústav po roce 1948 utrpěl, však neměly jen podobu vynucených odchodů (ke kterým se zanedlouho, po Matějčkově smrti přidali ještě O. Blažíček a J. Cibulka). Režim významně zasáhl také do toho, kdo směl a nesměl na ústav působit. Z hlediska pedagogického sboru šlo zejména o Dobroslava Líbala, jehož habilitace byla, přes Matějčkovu podporu po roce 1948 zastavena ‒ Líbal pak sice mohl dále vědecky pracovat, ale na univerzitní půdu se směl vrátit až po roce 1989.
…posluchači byli podrobeni politickým prověrkám, na nichž byl obzvláště zvrácený fakt, že je vedli sami zástupci studentů – trojčlenné komise, tzv. trojky…
V prvé řadě šlo ale o studenty. Ústav pro dějiny umění si přes veškeré ztráty jádro hlavních pedagogů uchoval a podobně tomu bylo i na většině dalších oborů. Ti, co museli odejít, navíc mohli často alespoň do určité míry pokračovat ve svém oboru. Pro studenty byl únorový přelom mnohem drastičtější – dominantní součástí přijímacího řízení se nyní stalo hodnocení „politického profilu“, které možnost studia upřelo stovkám uchazečů se špatným třídním původem. Tento návrat k feudálnímu kastování společnosti, kdy o kvalitě člověka rozhoduje jeho rodokmen (pouze hodnocený s obrácenými znaménky), postihl i ty, kterým se podařilo na univerzitu dostat ještě před převratem – včetně pokročilých studentů nastoupivších v prvním roce po válce. Tito posluchači byli podrobeni politickým prověrkám, na nichž byl obzvláště zvrácený fakt, že je vedli sami zástupci studentů – trojčlenné komise, tzv. trojky. Na Ústavu pro dějiny umění tuto komisi tvořili Jaromír Neumann, jeho manželka Miluše Jágrová a Vladimír Procházka, posudky na své kolegy psala řada dalších studentů. Kolik lidí kvůli prověrkám ústav muselo propustit, dnes nevíme, známe jen některá jména, podle dochovaných zpráv je ale zřejmé, že zdejší prověrková komise nebyla ani výrazně přísnější, ale ani mírnější než jiné „akční trojky“ na fakultě – studentské čistky zde probíhaly s podobnou intenzitou, jako všude jinde a dějiny umění šly v tomto ohledu zcela s proudem doby.
Základní kontinuitu si obor nakonec dokázal udržet především díky osobnosti Antonína Matějčka, který dokázal spojit nezpochybnitelnou pedagogickou a odbornou erudici s politickými konexemi. Ochranou ruku ale nad ústavem nedržel dlouho – pouze do 17. srpna roku 1950, kdy nečekaně zemřel. Poté se mělo hodně změnit.