Dvě desetiletí trvající marginalizace dějin umění dovedly výuku oboru na FF UK téměř k zániku. Po převratu 1989 se ale okrajové postavení katedry ukázalo být výhodou. Pracoviště si totiž dokázalo udržet odbornou kontinuitu, aniž by bylo nuceno k velkým úlitbám vůči komunistickému režimu. S výjimkou Vladimíra Fialy, který fakultu v roce 1990 opustil, tak katedra nemusela procházet „čistkami naruby“ a mohla pokračovat kontinuálně v téměř nezměněné sestavě. Dvě ztracená desetiletí se díky tomu podařilo dohnat relativně rychle.
Klíčový přitom byl zejména obnovený nábor studentů, kterých se po úvodním náporu začala přijímat 15 do jednooborového a 6 do dvouoborového studia, a také obměna, respektive doplnění pedagogického sboru. Hned od roku 1990 začaly na katedře přednášet osobnosti, kterým to do té doby přes jejich mimořádný talent nebylo umožněno. V „první vlně“ šlo zejména o historika architektury, odborného pracovníka Národní galerie a dlouholetého specialisty SÚRPMO Mojmíra Horynu (1945–201) a teoretika umění a odborníka na období novověku Lubomíra Konečného (1946). Jako externisté zároveň na katedře začali působit osobnosti jako Dobroslav Líbal, Pavel Preiss, Eliška Fučíková a další.
Zásadní zlom pro katedru nastal v roce 1991. Tehdy byla rozdělena opět na dvě samostatná pracoviště, katedru dějin umění a katedru estetiky. Zároveň se začalo pracovat na celkové organizační a studijní reformě: byl zrušen ročníkový systém a založena struktura dvou navazujících cyklů, v jejichž rámci se mohli na kurzech potkávat studenti různých ročníků. Katedra samotná pak získala další kmenovou posilu v osobnosti specialisty na středověké umění a ikonografii Jana Royta (1955), který na katedru nastoupil z odborné redakce nakladatelství Odeon.
K prvorepublikové tradici se otevřeně hlásil také statut ústavu, který počítal s návratem seminářů jako samostatných oddělení s vlastními vedoucími.
V roce 1991 se pak také odehrála změna na pozici ředitele katedry – Jaromír Homolka, který do té doby zastával funkci proděkana pro vědeckou práci, byl na období 1991–1994 zvolen děkanem a do čela fakulty se tak postavil Petr Wittlich. Bylo to právě pod Homolkovým vedením, kdy fakulta prošla nejzásadnější porevoluční transformací. Jejím důsledkem bylo mimo jiné 1. 9. 1993 ustanovení Ústavu pro dějiny umění na místo Katedry dějin umění – symbolická organizační změna, kterou po 42 letech došlo k přímému navázání na přerušenou tradici prvorepublikového fakultního uměnovědného pracoviště. Ředitelem ústavu byl jmenován Petr Wittlich, zástupcem ředitele Jiří Kropáček, povinnosti tajemníka převzal Jan Royt.
K prvorepublikové tradici se otevřeně hlásil také statut nově vzniklého ústavu, který mimo jiné počítal s návratem ke konceptu seminářů jako samostatných oddělení ústavu s vlastními vedoucími. Přes snahu aplikovat tuto vizi do praxe v prvních semestrech výuky se od této přeci jen archaické struktury upustilo a semináře byly nadále chápány jako specializované předměty k jednotlivým obdobím, spojené s konkrétními pedagogy.
Po ustanovení ústavu a stabilizaci výuky začali jeho členové rychle dohánět také dlouho odpíraný akademický postup. Už v dubnu 1990 habilitoval Jiří Kropáček, který se po Homolkovi stal druhým „novým“ docentem ústavu. V roce 1992 následovala docentura a rychle poté i profesura Petra Wittlicha, který tak byl prvním interním profesorem fakultního uměnovědného pracoviště od odchodu Jaroslava Pešiny do důchodu. Ve stejném roce získal profesuru Pavel Preiss a o rok později se habilitoval Mojmír Horyna. Ústav se i z tohoto hlediska brzy vracel do normálního stavu.
První fázi „obrody“ katedry symbolicky završily roky 1994 a 1995. Na FF UK byly tehdy povinně vypsány konkurzy na místa odborných asistentů, což se na ústavu týkal Aleny Alsterové a Vladimíra Hrubého. Zatímco Hrubý své místo obhájil, před Alsterovou byla dána přednost Petru Mackovi, který převzal kurzy věnované památkové péči a stavebněhistorickému průzkumu a později se zapojil také do výuky novověké architektury. Zároveň byl přijat i nový asistent, Roman Prahl, který se ujal výuky 19. století. Už v roce 1995 se Vladimír Hrubý rozhodl ústav opustit a jeho místo zaujala Hana J. Hlaváčková, specialistka na středověkou ikonografii a iluminované rukopisy. K významným personálním změnám na Ústavu patřil také příchod Štěpánky Kulhanové na pozici sekretářky ústavu, jejíž role ve fungování pracoviště byla v následujících letech zcela nepostradatelná. Poslední ze zásadních změn, která z Ústavu definitivně učinila normálně fungující vysokoškolské pracoviště, bylo otevření postgraduálního doktorského studia – ke kterému došlo rovněž v roce 1995. Tímto způsobem se zformovalo dlouholeté jádro ústavu, které pak bylo obměňováno již jen pozvolna – na delší dobu byl poslední interní posilou Jiří Kuthan, který na ústavu od roku 1997 vedl kurzy věnované středověké architektuře.
Zatímco z hlediska personálního a akademického se ústav dokázal v podstatě za pouhých pět let plně postavit na nohy, jiné stránky jeho fungování se dařilo měnit jen pomalu. Týkalo se to zejména zázemí – prostory v Celetné 20 byly těžko únosné i v době, kdy měl pedagogický sbor poloviční počet členů a na katedru nedocházeli téměř žádní studenti; po novém rozvoji ústavu byly však dlouhodobě neúnosné. Přesto trvalo víc než dalších deset let, než se ústav dočkal alespoň provizorního řešení (dlouhodobá zápůjčka učebny č. 138 na některé z vyučovacích dní) – ve stejných nevyhovujících prostorách sídlí pracoviště dodnes a tvoří tak mimo jiné jeden z nejočividnějších příkladů dlouhodobé podfinancovanosti pražské filozofické fakulty.
…celofakultnímu přechodu na tzv. boloňský systém studia, tedy rozdělení na bakalářskou a magisterskou část, se Ústav dlouho bránil…
Další kapitoly v historii ústavu byly oddělovány především změnami na ředitelské pozici, které se vždy odehrávaly konsenzuálně a s důrazem na zachování maximální kontinuity ústavu. V roce 2000 tak po Petru Wittlichovi převzal ředitelské povinnosti Mojmír Horyna, krátce poté jmenovaný profesorem. Když se v roce 2006 stal Horyna prorektorem, ředitelského místa se ujal jeho dosavadní zástupce Jan Royt, od roku 2004 rovněž profesor. Zejména za Mojmíra Horyny došlo k dalším dílčím obměnám pedagogického sboru, které souvisely částečně s generačním střídáním (odchod Jiřího Kropáčka do důchodu), částečně také se založením sesterského pracoviště na Katolické teologické fakultě, které se nově stalo hlavním působištěm Jiřího Kuthana a Jaromíra Homolky. Jako nová medivistická posila v roce 2003 proto nastoupila Michaela Ottová, o dva roky později pak na katedru nastoupila Marie Klimešová, která – po příchodu Vojtěcha Lahody v roce 2001 – rozšířila výuku umění 20. století o nejnovější uměleckou tvorbu. V roce 2006 se pedagogem a zároveň tajemníkem ústavu stal historik novověké architektury Richard Biegel, o rok později pedagogický sbor posílil přední znalec renesančního malířství Martin Zlatohlávek.
V té době už byl v plném běhu další a vlastně poslední zásadní předěl v dějinách katedry. Šlo o celofakultní přechod na tzv. boloňský systém studia, tedy rozdělení studijního cyklu na bakalářskou a magisterskou část. Ústav se změně dlouho bránil, nicméně od akademického roku 2006/2007 byla bakalářská forma studia zavedena i zde. Aplikace změn, které vyžadovaly přejít na novou strukturu výuky (např. založení nově koncipovaného přehledového kurzu), se neobešlo bez potíží, nicméně v současné době je už bakalářské studium pevnou součástí výuky. Zásluhu na tom má i posílení výuky o další externisty i nové interní pedagogy – Marii Rakušanovou, která v roce 2009 rozšířila výuku metodologie umění a tvorby 20. století, a Kateřinu Adamcovou, která se po nečekané smrti Mojmíra Horyny v roce 2011 ujala kurzů věnovaných novověkému sochařství.
Dosud poslední změnou v organizaci katedry bylo jmenování dosavadního tajemníka ústavu Richarda Biegela do pozice ředitele v roce 2014. Jeho zástupcem se stal Roman Prahl, roli tajemnice ústavu převzala Kateřina Adamcová. Mezi interní pedagogy v roce 2018 přibyli Jan Klípa a Zuzana Štefková.
Kontinuitu v úsilí, kterým Jaromír Homolka s Petrem Wittlichem v roce 1989 navázali na prvorepublikovou tradici univerzitních dějin umění, se Ústav pro dějin umění FF UK snaží držet dodnes.