Dlouholetou césuru po Tyršově smrti zaplnil až Otakar Hostinský, který roku 1894 výuku dějiny umění připojil ke své řádné profesuře estetiky a dějin hudby. Už tehdy však bylo zřejmé, že jde pouze o provizorní řešení, které není dlouhodobě udržitelné.
Zatímco Vídeňská univerzita si dějiny umění vybudovala jako regulérní obor dokonce se dvěma pracovišti, Praze začal ujíždět vlak…
Konec 19. století a stále zrychlující cesta Evropy k proměně v moderní společnost s sebou přinesly celou řadu vážných sociálních, politických a filosofických dilemat. Zproblematizoval se i vztah k minulosti, která ztratila idealizující opar romantiky, a mimo jiné se začala zásadně měnit společenská role umělecké tvorby. Tato proměna se musela odrazit i v oboru dějin umění – jeho posláním už nebylo jen sepisovat starožitnosti, ale nově měl přispívat k interpretaci umělecké tvorby jako takové a tím i k (sebe)poznání soudobé společnosti. Zatímco například Vídeňská univerzita si díky zakladatelské práci Rudolfa Eitelbergera a Moritze Thausinga dějiny umění vybudovala jako regulérní obor dokonce se dvěma pracovišti, Praze začal ujíždět vlak. Krátce poté, co se Otakar Hostinský ujal dějin umění jako suplent, nastoupil na Vídeňskou univerzitu jako mimořádný profesor Alois Riegel, který reprezentoval již druhou generaci vídeňské školy dějin umění, která měla brzy zásadně proměnit metodologii oboru.
Hostinský nebyl jako „náhrada“ za regulérní profesuru nijak nedůstojnou volbou. Jako vynikající estetik a také díky širokému vzdělání a přehledu o soudobém myšlení, dokázal své přednášky obohacovat o filosofický a teoretický přesah a věnovat je také tvorbě v zahraničí. Přesto bylo na místě hledat někoho, kdo by se mohl oboru ujmout jako mimořádný a ideálně posléze i řádný profesor. V 90. letech 19. století se takoví kandidáti nakonec našli hned dva. Pražská univerzita v této době kompenzovala nedostatek profesorských míst nabíráním soukromých docentů. V roce 1897 přitom proběhla hned dvě habilitační řízení pro obor dějin umění středověku a novověku. Jako první docenturu získal Karel Chytil (1857–1934), absolvent pražské filosofické fakulty, který byl velmi krátce také posluchačem Eitelbergera a Thausinga ve Vídni. Ten o habilitaci usiloval už roku 1883, ale komise nakonec kvůli jeho malé odborné zkušenosti návrh zamítla. V dalších 15 letech Chytil velmi přesvědčivě pracoval na odstranění tohoto handicapu – stal se, mimo jiné, mimořádným profesorem dějin umění na Akademii výtvarných umění (1888–1896) a od roku 1895 jako ředitel stál v čele Uměleckoprůmyslového musea. Přijetí jeho docentury na filozofické fakultě tedy napodruhé proběhlo bez sebemenších problémů.
Druhým docentem se stal Bohumil Matějka (1867–1909). Žák Otakara Hostinského na české a Alwina Schulze na německé části univerzity v oboru působil teprve krátce, působil mimo jiné na Umělecko-průmyslové škole a v roce 1896 získal habilitaci pro dějiny umění na Akademie výtvarného umění. Komisi nicméně přesvědčil Matějkův habilitační spis o kostelu sv. Tomáše na Malé Straně v Praze i poměrně pragmatická okolnost, že mohl volně využívat dobře vybavenou knihovnu AVU. Krátce po Chytilovi tak dějiny umění na pražské univerzitě získaly i druhého docenta. Obě habilitace však byly především přípravou na krok, který by znamenal skutečné navázání na tradici přerušenou smrtí Miroslava Tyrše – zřízení profesury pro dějiny umění. Univerzitní komise ve složení Jaroslav Goll, Otakar Hostinský a Josef Kalousek ji v roce 1901 nabídla Karlu Chytilovi a o rok později tento návrh oficiálně předložila ministru školství. Chytil ale nakonec nabídku odmítl z finančních důvodů, když ministerstvo odmítlo přistoupit na Chytilovy podmínky, kterými chtěl kompenzovat odchod z ředitelského postu v Uměleckoprůmyslovém museu.
Hned následující rok vznikl návrh druhý, který se ukázal jako klíčový. A zároveň poněkud paradoxní. Poté, co byly dějiny umění na pražské univerzitě téměř dvě desetiletí bez profesury, se náhle muselo rozhodovat hned mezi třemi výraznými kandidáty. Po Karlu Chytilovi totiž univerzitní komise profesuru nabídla Bohumilu Matějkovi. Ve stejné době se o ni ale přihlásil ještě jiný mimořádně pozoruhodný badatel – Max Dvořák. Je lákavé uvažovat o tom, jak by se pražská uměnověda vyvíjela, kdyby profesorské místo získal právě Dvořák. Nicméně nestalo se tak – komise se nakonec rozhodla trvat na Bohumilu Matějkovi, a to i pro jeho dosavadní zkušenosti s výukou na fakultě. Všichni aktéři si zároveň byli vědomi toho, že spolu s Dvořákem odmítají nesmírně nadějnou osobnost a doufali, že jej pro fakultu získají, jakmile nadejde další vhodná příležitost. Skutečně se o to pokusili hned v roce 1905 a podruhé v roce 1909. Max Dvořák ale v obou letech učinil kariérní posun na Vídeňské univerzitě (1905 mimořádná a 1909 řádná profesura) a do Prahy nikdy nenastoupil. Od akademického roku 1894/1895 byl tedy Matějka jmenován mimořádným profesorem dějin umění na filosofické fakultě Karlo-Ferdinandovy univerzity. Spolu s ním se překvapivě stal profesorem i Karel Chytil – protože hlavním garantem výuky se stal Matějka, mohl si Chytil podržet své ředitelské místo v muzeu.
Přímá soutěž s Maxem Dvořákem, historikem umění světového významu, dnes Bohumila Matějku staví do nepříznivého světla – z jeho odborného odkazu je známější v podstatě jen podíl na soupisu uměleckých památek. Není to ale zcela spravedlivé. Matějka se své funkce ujal zodpovědně a začal intenzivně usilovat o posílení pozice oboru na fakultě. Nebylo mu přitom dáno mnoho času na to, aby vedle toho rozvinul plnohodnotnou vědeckou dráhu – nedlouho po získání profesury se u něj začala projevovat vleklá nemoc, která jej po krátký zbytek života připravovala o cenné síly. Právě Matějku je přitom třeba považovat za prvního zakladatele ústavu. Po získání profesury totiž s podporou Otakara Hostinského napřel své úsilí ke zřízení samostatného uměnovědného pracoviště. A úspěšně – v roce 1906 se mu podařilo prosadit zvýšení dotací na výuku dějin umění a o rok později také založení c. k. kabinetu dějin umění na české části pražské univerzity, tedy prvního oficiálního uměnovědného pracoviště, jehož sídlo se nacházelo v areálu Klementina. Matějka se zároveň stal prvním ředitelem kabinetu
Matějkovo působení zde ale bylo jen krátké, protože na konci roku 1909 své nemoci podlehl. Jen o měsíc později zemřel také Otakar Hostinský, osobnost, jejíž vliv na rozvoj univerzitní výuky dějin umění nelze dost docenit. Přestože nikdy nebyl „oficiálním“ uměnovědcem, byly to jeho iniciativy a jeho podpora, která umožnila obor na přelomu 19. a 20. století na univerzitě postupně etablovat.
Kabinet dějin umění tedy v roce 1910, jen pár let poté, co byl založen, osiřel. Tentokrát nicméně profesorský sbor univerzity nedopustil, aby nastala stejná prodleva jako po smrti Miroslava Tyrše: ještě v roce 1910 byl vedením kabinetu pověřen Karel Chytil a zároveň byl navržen na pozici řádného profesora, kterým se stal 14. ledna 1911. Chytil se tak stal prvním řádným profesorem dějin umění na české pražské univerzitě a tím pádem zároveň druhým zakladatelem zdejšího univerzitního pracoviště.
Povaha Chytilova pionýrského období, ve kterém nedostatečné zázemí vyvažovala jeho obdivuhodná činorodost, měla poměrně zásadní důsledek…
Začátky tohoto pracoviště byly zprvu velmi skromné. Chytil byl od roku 1911 sice řádným profesorem a ředitelem kabinetu, ale také jeho jediným členem a vyučujícím. Kabinet navíc bylo na rozdíl od semináře pracoviště, které nemělo vlastní studenty a Chytil tak přednášel posluchačům historických věd. To se nicméně brzy změnilo – v akademickém roce 1912/1913 byl totiž založen vůbec poprvé seminář dějin umění, což znamenalo, že studenti historie, filosofie nebo filologie mohli kromě přednášek z dějin umění navštěvovat i specializovaná cvičení. V dalším semestru pak byl seminář ustaven jako samostatné působiště, takže spolu s kabinetem měla v roce 1914 univerzita dvě samostatná pracoviště zaměřená na dějiny umění. Ve skutečnosti odděleně fungovaly jen formálně – v čele obou stál Karel Chytil a obě také měly oficiální sídlo na tomtéž místě v Klementinu. Chytil rovněž nadále zůstával jediným vyučujícím, který se však svým povinnostem věnoval s mimořádným nasazením. Přednášel postupně o českém i evropském umění od středověku přes 16. století do tehdejší současnosti, vedl exkurze a praktická cvičení v terénu a vedle toho se pochopitelně věnoval i badatelské práci. Formálně tedy měly dějiny umění na univerzitě zajištěny důstojnou pozici, ve skutečnosti zde ale celý obor stál na bedrech jednoho člověka – což byly dosti skromné podmínky nesrovnatelné se situací na německé části univerzity. Trvaly přitom až do založení Československé republiky, kdy se začala psát také nová etapa pražských uměnověd.
Povaha Chytilova pionýrského období, ve kterém nedostatečné zázemí vyvažovala jeho obdivuhodná činorodost, měla poměrně zásadní důsledek. Chytil měl na tvář oboru v českojazyčném prostředí zásadní vliv, protože nastupující generaci historiků umění téměř až na výjimky tvořili jeho žáci (bez ohledu na to, jestli svá studia posléze dokončovali nebo doplňovali na jiných ústavech). I z tohoto ohledu je Chytil právem považován za zakladatelskou osobnost pražské uměnovědy.